מורכבת הייתה מערכת היחסים בין פתח תקווה לשכניה הבדואים ובמיוחד לערביי שבט אבו-קישק. שבט זה היה ממארגני ההתנפלות הגדולה במאורעות תרפ"א.

בעקבות המאורעות נעצרו שיח' אבו- קישק ואברהם שפירא לחקירה. בעקבות חקירה זו נאסר השייח' ועל המתנפלים היה לשלם כופר למושבה ולמשפחות החללים. נעשו מספר ניסיונות להביא לברית שלום אך שפירא התנגד נחרצות לברית זו שלא לפי תנאיו. הוא הצליח אף לשכנע את הנציב העליון שרק ברית המושתתת על יסודות המסורת הבדואית כפי שביקש תהיה אפקטיבית ותאריך ימים.

כריתת השלום לפי תנאיו של שפירא היה ניצחון גדול לא רק לשפירא אלא ליישוב כולו. "הוכחנו שהיהודי איננו וולד אל מות".

…"על המתנפלים לפתוח בבקשת שלום וסליחה, חושב אני כי כך דורשים הצדק והיושר בכל בעולם, על האשם לשאת בעוונו להכיר באשמתו ולבקש סליחה." יחד עם זאת עמד על זאת ש"הסולחה" תיערך על פי כל המנהגים המקובלים. נחרצותו ועקשנותו הביאו לכריתת חוזה השלום ברית זו עמדה לפתח תקווה שנים ארוכות.

אורחים ערבים בביתו ובחצרו של שפירא היו תופעה רגילה ביותר. מיוחד היה ביקורם של הנכבדים שהגיעו לכינוס המופתי הירושלמי. נכבדים אלה מבקשים להיפגש עם שפירא שמזמינם לביקור קצר במושבה. במסגרת הסיור הוא מפגיש אותם עם פועלים יהודים וערבים בפרדסי המושבה כדי שיתרשמו ויבחינו שיהודים וערבים יכולים לעבוד ולחיות יחדיו.

בעקבות ביקור זה מתפתחת מערכת קשרים עם ערביי עבר הירדן שאף זוכים למומחים ושתילים מישראל. קשר זה הוביל לביקורים הדדיים בירדן ובישראל. שפירא היה הרוח החיה בקיומם של קשרים אלה, ועדות לכך המכתבים הרבים והמתנות שקיבל ממארחיו.

בלחץ הנסיבות ובעקבות הסתה פרועה בעיתונות הופסקו קשרים אלו וזמן קצר אחר כלך פרצו מאורעות  תרצ"ו – 1936.

למרות הימים הקודרים חיפש שפירא שבילים ודרכים להחזיר את השלום בין יהודים וערבים, וכשהוקם חוג לאחווה יהודית ערבית "קדם – מזרחה" היה מפעיליו. רק באחווה זו ראה ערובה נאמנה להחזרת השלום על כנו.

לאחר הטבח בכפר קאסם ב 1956 נקרא לשמש כבורר ומגשר בין ערביי הכפר ומדינת ישראל. היה ממארגני טקס הסולחה ב 1958.